Dalam menjalankan tugas dan fungsinya, BASYARNAS-MUI menetapkan beberapa panduan yang digunakan untuk memastikan kegiatan operasional organisasi dipatuhi oleh setiap pengurusnya. Berikut beberapa panduan operasional atau SOP di lingkungan Badan Arbitrase Syariah Nasional-Majelis Ulama Indonesia: